در میانه دهه ی ۵۰ و زمانی که جنگ سرد به اوج خود رسیده ; مارشال ایالتی تدی دنیلز (با بازی لئناردو دیکاپریو) به همراه دستیار جدید خود که تا کنون ملاقاتی با وی نداشته به جزیره ای محصور در میان صخره های عظیم می رود که به همین دلیل جزیره شاتر نام بامسمایی برای آن است. این جزیره محل اسقرار بیمارستانی استثنایی است که در آن زندانیان دارای سابقه جنایت به دلیل جنون یا بیماری های دیگر روانی در سه بخش متمایز نگهداری می شوند و گروهی از بزجسته ترین متخصصان اعصاب و روان به درمان یا تحقیق بر روی آنها مشغول اند. پرونده ای که در ظاهر تدی را به اینجا کشیده ماجرای مفقود شدن عجیب یک بیمار زن روانی و فوق العاده خطرناک است که اعضای خانواده خود را بهطرزی دردناک کشته است. اما تدی در واقع برای پیگیری دو موضوع مهم دیگر که هر دو جنبه شخصی دارد این ماموریت را پذیرفته است: اولی یافتن یک قاتل است که تدی معتقد است در ماجرای آتش سوزی عمدی منزل وی و مرگ همسر و فرزندش او مقصر واقعی بوده اما خود را دیوانه جا زده تا از مجازات نجات یابد والان در جزیره است; و دلیل دوم و پیچیده تر این که گزارش هایی مبنی بر انجام تحقیقات و آزمایش های غیر قانونی پزشکی و روانی روی بیماران به پلیس رسیده ادعا می شود هدف از آنها پدید آوردن نوعی عامل غیر مختار (sleeper agent) از این زندانیان در جهت اهداف جنگ سرد است. هر چه ماجرا پیش تر می رود تدی بیشتر احساس میکند که دستیلبی به حقایق هر دو موضوع تا چه میزان می تواند پر هزینه باشد…